IE4 應該是大家熟悉的第一款 IE,在 1997 年 9 月推出。從 IE4 開始了 IE 和 Windows 深入整合的「陋習」,讓 IE 不僅是個獨立的網路瀏覽器,也是 Windows 的一部份。在 Windows 95 上是安裝的時候才會整合進去,至少消費者還可以選擇裝還是不裝,但到了 Windows 98 的時候是和 Windows 一起出貨的,想躲都躲不掉。這讓許多人指摘微軟打壓競爭,也讓美國以反托辣斯法介入,並控告微軟。法院戰本身在 2001 年以和解收場,但餘波至今都還在盪漾著。
IE4 最有名的功能,就是和桌面整合的 Active Desktop。Active Desktop 基本上就是在桌面上開一個個的小 IE 視窗,讓你可以看各式各樣的資訊,但是因為實際很花資源,而且常常當掉(那個時代的回憶啊 XD),所以最後好像都是關掉算了。此外,IE4 也為我們帶來了 DHTML、Favicon、和 Outlook Express 4(其實是 Internet Mail and News 的第二版,配合 IE4 才取名 Outlook Express 4 的)。在 IE4 期間, IE 的市佔率被一路推到 60%,基本上已經奠定了微軟在第一次瀏覽器大戰中勝出的基礎。
1999 年三月發表的 IE5,是微軟贏得第一次瀏覽器大戰,並取得瀏覽器界的霸權的關鍵。最初它是個獨立的軟體,後來在同年九月的九月隨著 Windows 98 SE 包裹推出,2000 年 7 月 ME 上市時裡面包的則是 IE5.5。IE5 大體上是個小升級,除了增加了 XML 支援和 XMLHttpRequest API (那時還沒有 AJAX 這個名字呢!)這兩個要許多年後都會盛行起來的功能之外,其他都算是小東西,像是兩種新的網頁存檔方式、自動完成之類的。